Da fine '400 a gran parte del '600 la storia di Bordighera, si trascinò immiserita dalla pressione fiscale del "Parlamento" e della Curia di Ventimiglia. Un testimone attendibile di questo stato di cose può ritenersi il dotto frate intemelio Angelico Aprosio che allo "scalo" di Bordighera era "di casa" preferendosi far spedire a tale stazione, e da lì a sua volta inviare, la corrispondenza ed i libri che andava accomulando nella sua biblioteca: sempre temendo il pericolo dei pirati e dei corsari, soprattutto quello della flotta imperiale turchesca contro cui, a difesa della linea di costa, la Repubblica genovese, sfruttando forse preesistenti strutture fortificate, da metà XVI sec. fece erigere un sistema di TORRI DIFENSIVE ed OFFENSIVE: in Bordighera si segnalarono le strutture difensive, a pianta quadrangolare, della "TORRE DEI MOSTACCINI", della "TORRE DI SAPERGO" e di quella detta di "CILUNA".
Su Bordighera, comunque, l'erudito intemelio a p.43 del "Catalogo" (edito a Bologna dai Manolessi nel 1673 ed intitolato proprio La Biblioteca Aprosiana...) egli scrisse: "[connesso ai privilegi della Cattedrale intemelia esiste il] "Seminario a beneficio del quale da Monsignor Mauro Promontorio Vescovo fu procurato e ottenuto dalla Santità di Nostra Santità Alessandro VII, di santa memoria, essendo Datario il Cardinale Corrado, soggetto anch'egli d'immortal ricordanza, il "Beneficio semplice" della chiesa di S.Ampegli posta negli scogli sotto la Bordighera, terra che se bene è la più povera tra tutte le altre sottoposte al Capitanato è anco la più ricca di devozione verso le Chiese: vedensosi quella di S. Maria Maddalena che è la parrocchiale e d'argenteria e d'altra suppellettile sacra fare invidia alla Cattedrale. E poi chi sono li Bordigotti? poveri pescatori e marinari che se vogliono vivere sono costretti e di giorno e di notte a faticare".
Attraverso proteste e lotte serrate, ville ottennero la "separazione economica" da Ventimiglia grazie all'intervento di Genova: questi borghi -pur continuando a far parte sotto il profilo politico del "Capitanato di Ventimiglia" dipendente da Genova- ottennero un proprio "Parlamento" per il lato amministrativo, di modo che tasse e gabelle non andassero più a solo vantaggio del capoluogo ma servissero per le ville accorpate nella Magnifica Comunità degli Otto Luoghi da quando fu sancita la separazione (1686) la vita socio-economica delle ville migliorò sin a quando, con le trasformazioni del periodo napoleonico e della Restaurazione, la "Comunità" come la stessa Repubblica di Genova non furono soppresse e accorpate al regno sabaudo mentre borghi e ville divennero "Comuni" e "Municipalità".