Nel 1805 venne nominato governatore del Nuovo Galles del Sud, per volere di Joseph Banks, incarico che iniziò a ricoprire di fatto solo nell'agosto del 1806. A causa del suo atteggiamento rigido nei confronti di ogni tipo di illecito, Bligh entrò presto in conflitto con il pioniere dell'industria della lana John Macarthur, e con altri importanti rappresentanti della corona britannica come Thomas Jamison, i quali da tempo avevano intrapreso una lunga serie di traffici e di speculazioni commerciali poco limpidi ed ai quali Bligh intendeva porre un freno.
Il protrarsi di questo conflitto portò ad una vera e propria ribellione nota come ribellione del rum che portò nel 1808 alla deposizione e all'arresto di Bligh da parte dei rivoltosi, guidati dal comandante dei New South Wales Corps il maggiore George Johnston, il 26 gennaio 1808. Trasportato sulla HMS Porpoise in qualità di prigioniero, venne condotto nel porto di Hobart, in Tasmania, dove fu liberato solamente agli inizi del 1810. Il 17 gennaio 1810 Bligh raggiunse il porto di Sydney ed iniziò subito a raccogliere prove per la messa sotto corte marziale di Johnston.
Il processo, a cui partecipò attivamente, durò da maggio ad ottobre e portò alla condanna di Johnston che venne espulso dal corpo dei Royal Marines senza alcun compenso. Per contro Bligh ricevette la promozione a contrammiraglio e nel 1814 venne ulteriormente promosso al grado di viceammiraglio. Tuttavia questa promozione fu soltanto nominale, in quanto dopo la sua liberazione Bligh non ricevette alcun incarico di una certa rilevanza, tuttavia non restò inattivo e si dedicò alla progettazione del North Bull Wall, una barriera artificiale costruita alla foce del fiume Liffey, a Dublino, con lo scopo di contrastare l'effetto Venturi. L'attuale North Bull Island è un isolotto artificiale frutto dei sedimenti di sabbia causati dal progetto di Bligh, il quale nel frattempo si dedicò alla rilevazione topografica della baia di Dublino.
Durante gli ultimi anni della sua vita, Bligh visse a Farningham nella sua magione e morì in Bond Street, a Londra, il 6 dicembre 1817. Venne seppellito nel cimitero della chiesa parrocchiale di Lambeth.
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