Appartenne alla Verein Deutscher Studenten, una organizzazione fortemente antigiudaica e fece parte del Marburg Studenten Freikorps, organizzazione paramilitare anticomunista. In questo ruolo fu aiutante di campo del comandante del Freikorps Bogislav von Selchow partecipando al massacro di Mechterstedt nel quale vennero uccise a sangue freddo 15 persone accusate di essere "comunisti". Laureato in medicina nel 1923, nel 1927 divenne internista. Si specializzò in genetica divenendo ben presto direttore della sezione antropologica all'Istituto Fischer di Berlino.
Grazie all'avvento del nazismo ottenne la cattedra di "scienza dell'ereditarietà e di igiene razziale" all'Università di Francoforte nel 1935. Nel 1940 si iscriveva al Partito Nazionalsocialista. Nel 1938 scrisse un saggio dal titolo "Biologia razziale degli ebrei" (Rassenbiologie der Juden) nel quale descriveva con toni deliranti l'inferiorità degli ebrei e la loro pericolosità.
A partire dal 1939 allargò il suo campo ai problemi connessi alle "diversità razziali" tra tedeschi e ebrei. Il suo Istituto lavorò alla formazione dei medici secondo le linee guida delle SS.
Le tendenze razziste di Verschuer divennero sempre più spiccate e violente. Tra il 27 ed il 28 marzo 1941 in un suo libro auspicò la "completa soluzione del problema ebraico".
Nel 1942 Verschuer divenne il direttore del Dipartimento di Antropologia del prestigioso Kaiser Wilhelm Institut a Berlino.
In questo incarico Verschuer riprese i suoi studi sui gemelli sui quali nel 1935 aveva scritto: "È assolutamente necessario compiere una ricerca su serie di famiglie e gemelli selezionati in modo casuale". Ciò che Verschuer cercava di stabilire era la validità della sua teoria razziale dell'ereditarietà delle malattie. Aveva compiuto studi sulla tubercolosi nei gemelli (Zwillingstuberkulose - Lipsia 1933) scrive su altre malattie ed era impaziente di mettersi al lavoro. Uno dei suoi migliori assistenti, Joseph Mengele era divenuto Hauptsturmführer delle SS e una sua richiesta di finanziamento per gli studi sui gemelli era stata accolta dal Consiglio delle Ricerche tedesco.
Nel presentare la sua ricerca Verschuer scriveva: "Il mio assistente dottor Mengele lavora insieme a me in questo progetto di ricerca . Attualmente è impiegato come Hauptsturmführer e medico di campo nel lager di Auschwitz. Studi antropologici sui più diversi gruppi razziali di questo campo di concentramento vengono condotti con l'autorizzazione del Reichsfuhrer delle SS [Himmler]. Campioni di sangue vengono inviati al mio laboratorio per le analisi".
In realtà - dal maggio 1943 - Verschuer riceveva da Mengele ogni sorta di campione proveniente dai gemelli assassinati: occhi, organi interni sotto formalina, ossa, teschi. Gli studi di Verschuer ebbero un impulso straordinario che si interruppero soltanto quando Mengele a causa dell'avanzata russa dovette abbandonare Auschwitz.
Di fronte all'avanzata russa Verschuer trasferì i dati delle proprie ricerche da Berlino rifugiandosi nella zona occidentale della Germania.
Distrusse il carteggio che aveva avuto con Mengele e cercò di reinserirsi nella società tedesca del dopoguerra.
Sin dall'inizio del 1946 riemerse inviando una petizione al sindaco di Francoforte per chiedere che venisse ricostruito il Kaiser Wilhelm Institut.
Verschuer poco dopo venne arrestato ed indagato per i suoi trascorsi. Venne giudicato soltanto come un collaboratore e quindi assolto da ogni responsabilità grave. Dopo aver pagato una ammenda di 600 marchi venne scarcerato.
Ma se i giudici furono incredibilmente clementi non lo fu altrettanto la commissione incaricata di ricostruire l'Istituto.
Il capo della commissione scrisse il 13 gennaio 1947:
"Verschuer non dovrebbe essere considerato un collaboratore ma uno dei più pericolosi attivisti nazisti del Terzo Reich. Un giudizio obiettivo del Comitato Investigativo deve riconoscere ciò e, conseguentemente, assumere tutte le iniziative necessarie affinché quest'uomo non entri in contatto con la gioventù tedesca in qualità di docente universitario o con la popolazione come scienziato di genetica o di antropologia".
Nonostante questo pesantissimo giudizio Verschuer trovò impiego nel 1951 presso l'Università di Munster che lo nominò professore di genetica umana. A Munster ricostituì un centro di ricerche anche grazie all'appoggio dei suoi ex studenti che avevano ottenuto anch'essi posti di rilievo nel mondo universitario.
Nel 1961 lo ritroviamo tra gli ospiti d'onore della Seconda Conferenza Internazionale di Genetica Umana che si svolse a Roma tra il 6 ed il 12 settembre.
Verschuer morì per le ferite riportate in un incidente d'auto nel 1969. Tra coloro che elogiarono pubblicamente la sua figura vi fu il suo ex allievo ed ex SS Heinrich Schade. Nessun giornale tedesco nel ricordarne la figura citò i suoi trascorsi nazisti.
